Der Freimaurerbund ist eine Gesellschaft mit besonderer Privatsphäre. Gemäss der föderativen Struktur des Bundes entwickelt er seine Aktivitäten hauptsächlich in den einzelnen Logen, die unter Wahrung der Allgemeinen Maurerischen Grundsätze weitgehend autonom organisiert sind. Juristisch sind Freimaurerlogen in der Schweiz Vereine gemäss Art. 60ff. ZGB.

Oberstes Organ einer Loge ist wie in anderen Vereinen die Generalversammlung, welche das letzte Wort in allen Geschäften hat und auch den Vorstand wählt. Der Vorstand einer Loge nennt sich Beamtenkollegium. Er ist mit verschiedenen rituellen und administrativen Chargen betraut und wird von einem Präsidenten, dem Meister vom Stuhl, geleitet. Den Vorsitz in allen Versammlungen hat der Meister vom Stuhl, welcher nicht nur Vereinspräsident, sondern für die Zeit seiner Beamtung auch geistiger Führer der Loge ist. Er ordnet die Arbeiten in der Loge an und leitet diese. Seiner Leitung vertrauen die Brüder, die ihn in freier Wahl bestimmen.

Die Mitglieder der Loge treffen sich regelmässig, meist wöchentlich. Eine Zusammenkunft kann eine rituelle Tempelarbeit sein, eine freimaurerische Instruktion, ein Vortrag oder auch eine freie Zusammenkunft, bei der man sich zur geselligen Runde trifft. Entsprechend ihrer handwerklichen Symbolik arbeitet die Freimaurerei in 3 Graden: Lehrling, Geselle und Meister. Die Einteilung des Lehrinhaltes der Freimaurerei in Stufen ist auf ihre 3 Grade abgestimmt. Diese entsprechen einer schrittweisen Entfaltung der Lehre, sodass der Eingeweihte das Wissen in jedem Grad nachhaltig erfassen kann, bevor er die nächste Stufe ersteigt. Freimaurer, die sich nach Erreichen des Meistergrades noch weiter in die Philosophie des Bundes vertiefen wollen, finden dafür in den Hochgradsystemen geeignete Plattformen.